De fortes contaminations par les HAP (Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques) sont notées sur l'Eure (aval confluence avec la Blaise), sur la Seine dans les régions industrielles de Rouen, sur l'Iton aval, la Charentonne.
Les PCB (polychlorobiphenyls) dont l'usage est interdit sont en nette diminution dans les sédiments du bassin. Cependant ils ont une rémanence élevée, et il est probable qu'ils ne s'élimineront de l'hydrosphère que très lentement. Les principaux points noirs sont la Seine aval, la Risle et l'Eure.
Les AOX (organohalogénés absorbables sur charbon actif) sont mesurés à de fortes concentrations sur la Seine à l'aval de Poses et à l'aval de Paris, sur le cours moyen de l'Oise, sur le bassin de l'Eure, de la Risle aval et de la Charentonne,sur le Grand-Morin, l'Yerres, l'Yonne aval, la Béthune, la Marne moyenne, l'Ourcq aval, la Seine à l'aval de Troyes, le Loing à l'aval de Montargis et la Saânne.
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