L’Agence de l’eau Seine Normandie participe à trois programmes de recherche destinés à mieux comprendre les mécanismes de l’eau sur le bassin.
Depuis 1989, l’Agence de l’eau est partenaire du programme interdisciplinaire de recherche sur l’environnement, le Piren-Seine.
Fin 1991, elle prenait part au programme Europol’Agro, un pôle de recherche orienté vers l'agronomie, la viticulture, l'œnologie, la transformation et la valorisation industrielle des agro-ressources.
Enfin, depuis 1995, l’Agence de l’eau poursuit son partenariat avec le programme Seine-Aval concernant l’estuaire de la Seine.
La participation de l’Agence de l’eau à ces programmes de recherche est financière. Ses aides s’élèvent à plus de 30 % pour chacun de ces programmes.
- Le Piren-Seine, programme interdisciplinaire de recherche sur l’environnement ;
- Europol’Agro, programme de valorisation des agro-ressources en région Champagne-Ardenne ;
- Programme Seine-Aval, programme de recherche finalisée sur l'estuaire de la Seine.