L’Agence de l’eau est partenaire du programme Piren-Seine depuis la création de celui-ci en 1989.

L’objectif du Piren-Seine est de développer, à partir de mesures de terrain et de modélisations, une vision d'ensemble du fonctionnement du réseau hydrographique de la Seine.

Ce programme multidisciplinaire comprend l’étude du bassin versant mais aussi de sa population.

En effet, le bassin de la Seine, qui représente seulement 12 % du territoire national, supporte le quart de la population de la France. En outre, les activités agricoles et industrielles du bassin représentent un tiers de la production nationale et plus de la moitié du trafic fluvial de la France.

Le Piren-Seine rassemble des équipes du CNRS, de l'Ecole des Mines, de l'Institut national de la recherche agronomique, du Cemagref,  du Centre d'enseignement et de recherche eau, ville, environnement (Cereve) et de diverses universités et grandes écoles.