La Direction des Collectivités et de l'Industrie a pour mission l'animation et la coordination des actions de l'agence dans le domaine des collectivités et de l'industrie.

Rôle d'animateur : mise en oeuvre de la politique de l'agence pour, d'une part les activités dans lesquelles l'opérateur est une collectivité locale ou son délégataire de service public et, d'autre part les activités industrielles et assimiliées (définition des objectifs prioritaires pour les investissements collectivités, industries et la politique de l'agence en matière de déchets dangereux pour l'eau, suivis techniques et productions de bilans/synthèses des actions)

Rôle de Coordinateur : coordonne l'action de l'agence pour les activités des collectivités territoriales et les activités industrielles et assimilées (conformité des actions, élaboration de la doctrine pour la redevance).

• Réduire les pressions industrielles sur les milieux aquatiques pour atteindre ou préserver le bon état chimique et physico-chimique des eaux de surface et des eaux souterraines ainsi qu’un bon état de la ressource en eau.
• Accompagner l'évolution des activités économiques en respectant la qualité des milieux aquatiques.
• Favoriser les actions à la source qui permettent de réduire de façon pérenne les pressions réelles ou potentielles exercées sur le milieu (technologies propres, recyclage et valorisation de matières, prévention de pollution accidentelle). 

Les services opérationnels sont répartis dans les 7 Directions territoriales basées sur le bassin Seine-Normandie.

Leurs missions :

• Mise en oeuvre de la politique de l'agence relative aux activités économiques (industrie, artisanat...)
• Instruction des dossiers de demande d'aides, suivi technique et financier des aides
• Préparation et suivi d'actions contractuelles par territoire et par métier
• Etablissement de la redevance de pollution brute
• Connaissance et suivi des pressions industrielles par unité hydrographique.

 Le service Pressions Industrielles, Prospective et Evaluation

• Animation territoriale de la politique industrielle
• Coordination de la politique en matière d'intervention et redevances industrielles
• Mise en oeuvre de la politique de réduction des emissions de susbstances toxiques
• Animation et suivi de la politique des déchets dangereux pour l'eau (DDQD, DDM)
• Conventionnement, homologation des opérateurs déchets - coordination des contrôles.
• Coordination des aides relatives aux déchets dangereux pour l'eau.