Elles constituent généralement l'essentiel de la pollution. Elles comprennent les eaux provenant des WC, appelées "eaux vannes" et les eaux ménagères (cuisine, salle de bains, machines à laver), appelées "eaux grises".
Leur traitement est réalisé soit par un assainissement collectif, c'est à dire raccordement à un réseau puis traitement dans une station d'épuration, soit par un assainissement autonome. Le raccordement à un réseau , quand il existe, est obligatoire.
En France, on estime les rejets journaliers par habitant en fonction de la taille de l'agglomération :
- 150 litres pour moins de 10 000 usagers ;
- 200 litres de 10 000 à 50 000 usagers ;
- et 250 à 500 litres pour plus de 50 000 usagers.
Dans le cadre d'habitats isolés ou non raccordés au tout-à-l’égout, les propriétaires doivent traiter eux-mêmes leurs eaux usées. Ce type de traitement est indifféremment nommé assainissement "non-collectif", "autonome" ou "individuel".
Plusieurs techniques sont appliquées en fonction de la nature du terrain et de la taille de la parcelle.
Sur les cinq millions de logements déjà équipés en assainissement non collectif en France, près de 80 % ne seraient pas conformes, et 2 % sont démunis de tout dispositif.
