Les eaux usées collectées contiennent des particules solides et des graisses qu'il faut éliminer afin de ne pas perturber le traitement ultérieur : c'est le rôle du prétraitement.
Ce prétraitement est en général réalisé dans une fosse, appelée fosse toutes eaux (ou fosse septique toutes eaux), qui recueille l'ensemble des eaux domestiques. Le prétraitement séparé des eaux des toilettes et des eaux ménagères (cuisine, douche, lavage ...) peut être mis en oeuvre dans le cas de réhabilitation d'installations existantes.
Le volume pour une fosse recevant toutes les eaux usées se calcule en fonction du nombre de pièces de l'habitation :
- habitation de 5 pièces (ou moins) : 3 m3
- habitation de 6 pièces : 4 m3 ;
- habitation de 7 pièces : 5 m3.