Le président et le vice-président du comité de bassin sont élus tous les trois ans.

Sur proposition du conseil d’administration de l’Agence de l’eau, le comité de bassin établit le programme d’intervention de l’Agence de l’eau : les types de travaux à réaliser ainsi que les modalités d’aides (subvention, avance) relatives à ces travaux.

 Il fixe également le taux des redevances pour financer le programme d’intervention.

Il est également chargé de l’élaboration du Schéma Directeur d’Aménagement et de Gestion des Eaux (SDAGE) et de la consultation du public sur ce document d’orientation.