Sur le volet agricole, les efforts se portent en particuliers sur la lutte contre les pollutions diffuses et sur la gestion collective des ressources en eau.
On constate une contamination générale des ressources par de nombreux pesticides, mais aussi par les nitrates. Ainsi, en 2009, environ 70% des eaux de surface et 25% des eaux souterraines ne pouvaient être exploitées sans un traitement spécifique coûteux destiné à éliminer les résidus de produits phytosanitaires.
Les nitrates compromettent également la production d'eau potable et sont, avec les phosphates, à l'origine de l'eutrophisation de nombreux milieux aquatiques.