Au sein d’un écosystème les espèces remplissent diverses fonctions qu’il est difficile de catégoriser. Certaines sont protégées, d’autres font l’objet de régulation au niveau français ou européen. Néanmoins, parmi la très large typologie possible des espèces, on distingue :
1/ Les espèces «parapluies».
Ce concept désigne les espèces dont la large étendue du territoire suppose la protection d’un habitat important et des êtres vivants qui y habitent. En Seine-Normandie, par exemple, pour protéger efficacement la mulette perlière, il faut prendre en compte la diversité et la complexité des écosystèmes qu’elle utilise au cours de son cycle de vie. Par conséquent, la protéger permet de sauvegarder la qualité des rivières et les zones humides aux abords des cours d’eau.
Les espèces aquatiques « parapluies » sur le bassin Seine-Normandie : le saumon ; l’anguille européenne ; la mulette perlière ; la loutre d’Europe.
2/ Les espèces «indicatrices».
Les espèces bio-indicatrices permettent de connaître les caractéristiques et le fonctionnement de l’environnement du territoire où elles évoluent, à un moment donné. Leur présence, leur abondance, leur détérioration voire leur disparition sont des indicateurs de l’évolution du milieu naturel du territoire.
Les espèces aquatiques « indicatrices » sur le bassin Seine-Normandie : l’écrevisse à pieds blancs ; la loutre d’Europe ; les odonates aquatiques également appelés libellules (29 espèces dont Oxygastra curtisii, Onychogomphus uncatus, Gomphus simillimus, Lestes virens, Onychogomphus uncatus, Aeshna grandis, Lestes dryas et Lestes virens, Oxygastra curtisii, Somatochlora mettallica et Somatochlora flavomaculata, Coenagrion Mercuriale, Sympetrum Flaveolum et Sympetrum Danae ) ; les amphibiens (tritons, salamandres, rainettes, grenouilles et crapauds), le sonneur à ventre jaune, le pélodyte ponctué, crapaud calamite ; les reptiles (vipère péliade, lézard de souche, tortue …) ; les coléoptères aquatiques (Cordulie à corps fins). La Flore : les micro-algues comme les diatomées et les ensembles végétaux.
3/ Les espèces « emblématiques ».
Une espèce emblématique est une espèce sauvage, ayant une importance culturelle, religieuse ou économique pour l’Homme dans une région donnée . Ces espèces peuvent être rares ou communes.
Les espèces aquatiques « emblématiques » sur le bassin Seine-Normandie : le saumon atlantique, la loutre, l’écrevisse à pattes blanches, la moule perlière (des rivières), le sonneur à ventre jaune (batracien). La flore : la drosera à feuilles rondes (présence dans les tourbières) ; le flûteau nageant et l’orchis oublié
4/ Les espèces « exotiques envahissantes ».
Les espèces exotiques envahissantes sont des espèces (plantes et animaux) introduites par l’Homme délibérément ou involontairement sur un territoire hors de son aire de répartition naturelle et qui menace les écosystèmes, les habitats naturels ou les espèces locales. Elles présentent une menace pour la biodiversité : prédation, compétition, transmission de maladies, hybridation (croisement) avec les espèces locales, modification des milieux naturels, altération des services rendus par la nature… Elles peuvent également occasionner des impacts négatifs sur les activités économiques (agriculture notamment) voire sur la santé humaine.
Les espèces aquatiques « exotiques envahissantes » sur le bassin Seine-Normandie : l’écrevisse à pattes rouges (provenance : USA), le ragondin (rat du Chili). La flore : la renouée (plante aquatique du Japon), la jussie (plante aquatique d’Amérique du Sud ou du sud des USA).