Fiche Résumé 18-ECOL-01

La flore et les végétations liées au monde strictement aquatique sont méconnues tant du point de vue de leur abondance, de leur répartition que de leurs préférences écologiques au regard de leur importance et du degré de menace pesant sur ces milieux. Pour la flore vasculaire et les végétations, les principales causes de méconnaissance sont liées aux difficultés d’identification et aux bases de données incomplètes. En effet, les données restent souvent dispersées entre les structures et hétérogènes entre études, d’où la difficulté pour les compiler. Parallèlement à la flore vasculaire, les connaissances sur les plantes dites inférieures (bryophytes, algues, lichens, champignons) sont encore plus lacunaires, voire quasi-nulles pour certains groupes. Or, deux d’entre eux interagissent davantage avec la flore vasculaire et méritent d’être étudiés conjointement avec elle pour caractériser les végétations aquatiques : les Characées et les bryophytes aquatiques.

Désormais en Europe, les habitats naturels aquatiques se retrouvent au cœur de deux directives de première importance, la directive-cadre sur l’eau (DCE, 2000/60/CE) et la directive Habitats-Faune-Flore (DHFF, 92/43/CEE). L’objectif commun de ces deux directives est de pérenniser ou d’atteindre le bon état écologique ou de conservation des grandes masses d’eau européennes. Néanmoins, la flore et les végétations aquatiques associées sont encore prises en compte de façon très partielle dans les travaux de suivi et d’évaluation des habitats aquatiques. Pourtant, elles constituent des outils remarquables pour suivre et évaluer la qualité des eaux courantes et stagnantes. En effet, les plantes, par leur fixation au milieu, sont capables d’intégrer durant leur croissance les effets des perturbations.

En conséquence, un programme a été lancé en 2016 sur le bassin Seine-Normandie dont les missions principales concernent l’amélioration et la centralisation des connaissances sur la flore et les végétations aquatiques associées ainsi que l’amélioration des outils de bio-évaluation des écosystèmes aquatiques existants. Ce programme fournit un appui scientifique important pour la connaissance des macrophytes (indicateur et pression).

L’objectif d’amélioration de la connaissance passe par une phase de compilation et d’intégration des données existantes (contemporaines, historiques, herbiers…) et une phase d’acquisition de données floristiques, notamment sur les groupes mal connus de la flore vasculaire et les plantes inférieures, et de données de végétation notamment via des relevés phytosociologiques. L’étude par l’approche phytosociologique de ces milieux permet d’affiner l’identification des cortèges d’espèces indicateurs de l’état des habitats aquatiques et de mieux identifier les secteurs à enjeux.

L’objectif d’amélioration des outils de bio-évaluation est abordé via deux indices : l’indice biologique macrophytique en rivière et en lac avec dans un premier temps la compilation, la confrontation, la validation et l’intégration des relevés issus de ces indices au sein du territoire. Dans un second temps, des indices biologiques macrophytiques en rivière complémentaires seront réalisés sur des stations vierges du réseau DCE pour compléter le réseau. Ces inventaires présentent l’avantage de récolter des informations pertinentes sur l’environnement : trophie, impact physique ou paysager, etc., tout en reliant les structures et fonctions à des cortèges floristiques ou des végétations.

En 2025, 36 unités hydrographiques des 80 présentes sur le bassin Seine-Normandie ont fait l’objet de fiches et 11 autres sont en cours d'étude. Les unités hydrographiques sont toutes étudiées suivant le même protocole standardisé présenté dans le rapport méthodologique du programme. La restitution des résultats se matérialise sous forme de fiches synthétiques par unité hydrographique. Celles-ci présentent pour la flore et la végétation aquatiques l’état du jeu de données, l’état de la connaissance et des enjeux sur les différents groupes, en particulier les éléments rares, menacés ou exotiques envahissants, les secteurs à enjeux et l’état trophique des cours d’eau via les indices biologiques macrophytiques en rivière. La troisième phase du programme doit prendre fin en 2027 pour les CBN de Bailleul et de Normandie et en 2028 pour le CBN du Bassin parisien.

Un séminaire de présentation du travail mené sur le territoire du Conservatoire botanique national du Bassin parisien s’est tenu le 9 septembre 2025.

Rapport de synthèse final "Inventaire des macrophytes du bassin Seine-Normandie"

Guide de lecture des fiches

Protocole d'échantillonage

Plan de conservation en faveur de l’œnanthe des rivières sur le bassin de la Seine 

Plan de conservation en faveur de la petite utriculaire sur le bassin de la Seine 

Unité hydrographique Aisne Moyenne

Unité hydrographique Aisne Vesle Suippe

Unité hydrographique Andelle

Unité hydrographique Armançon

Unité hydrographique Arques

Unité hydrographique Aube

Unité hydrographique Automne

Unité hydrographique Avre

Unité hydrographique Bassée Voulzie

Unité hydrographique Bièvre

Unité hydrographique Blaise

Unité hydrographique Confluence Oise

Unité hydrographique Croult

Unité hydrographique Dives

Unité hydrographique Drouette

Unité hydrographique Juine Essonne Ecole

Unité hydrographique Eure amont

Unité hydrographique Loing

Unité hydrographique Marne amont

Unité hydrographique Marne aval

Unité hydrographique Marne Blaise

Unité hydrographique Marne Craie

Unité hydrographique Mauldre Vaucouleurs

Unité hydrographique Morins

Unité hydrographique Orge Yvette

Unité hydrographique Saâne Scie

Unité hydrographique Seine Mantoise

Unité hydrographique Seine parisienne

Unité hydrographique Seine Supérieure

Unité hydrographique Serein

Unité hydrographique Vesgre

Unité hydrographique Vire

Unité hydrographique Voise

Unité hydrographique Yerres

Unité hydrographique Yonne amont

Unité hydrographique Yonne aval