Les stations d’épuration (STEP) de moins de 500 EH représentent environ 60 % du parc total présent sur la direction de secteur Seine-Amont (soit 288 stations en 2005). Elle se répartissent en sept filières de traitement : les boues activées en aération prolongée, les filtres à sable, les lits bactériens, les filtres compact éparco®, les disques biologiques, les lagunes et les filtres plantés de roseaux.

Afin d'évaluer le fonctionnement de ces stations, une grille de notation a été établie pour les quatre filières principales (aération prolongé, filtre à sable, filtre planté et lagune) avec la collaboration des SATESE. Elle comprend 5 catégories : la charge de la station, le réseau, la filière eau, la filière boues et l'exploitation. Cette grille a ensuite été appliquée de la manière la plus objective possible à l'ensemble du parc de stations concernées.

Certaines de ces filières fonctionnent mieux que d'autres et les origines des dysfonctionnements sont multiples. Néanmoins, il s'avère que les défauts d'exploitation et de conception de la filière eau sont les deux principales sources de défaillances.

L'impact des stations sur le milieu naturel n'a pu être évalué qu'approximativement, à l'aide des ordres de Strahler des cours d'eau récepteurs notamment. Des "points noirs" ont tout de même pu être définis pour l'année 2007, en combinant le risque d'impact des stations et leur état de fonctionnement. L'agence devra donc agir prioritairement sur ces stations, mais elle pourra également agir sur les points négatifs relevés sur les autres stations.