L’objectif du SDAGE est d’assurer, en toute circonstance, une qualité microbiologique permettant le maintien de ces usages.
Interrogé en 2005, le public exprime une forte vigilance sur ce type de pollution en établissant un lien direct entre pollution microbiologique des milieux et santé humaine.

Comme pour les substances dangereuses, la mise en oeuvre d’une politique de réduction effi cace nécessite une meilleure connaissance des rejets contenant des germes qu’ils soient chroniques, potentiels ou accidentels par temps sec et par temps de pluie, de la vulnérabilité des milieux et des usages sensibles à cette pollution (baignade, conchyliculture…), notamment en zone littorale.

Pour réduire voire supprimer les risques microbiologiques, deux types d’actions sont à conduire sur les rejets :
- d’origine domestique et industrielle, en identifi ant et programmant les travaux réduisant la pollution microbiologique notamment en limitant le ruissellement pluvial et en sensibilisant les usagers à la qualité des branchements de leur égout ;
- d’origine agricole, en prévenant la contamination des eaux potables et de baignade par des germes provenant des élevages par la promotion de l’élevage extensif et en limitant le ruissellement sur les parcelles d’élevage (zones tampon, haies, …).

Pour en savoir plus : consulter les orientations 10 à 12 du projet de SDAGE